Marc Autret известный своими скриптами для Инди, выпустил новый. Полезный тем кто делает книжки со сносками и при участии продвинутых наборщиков (редакторов). Скрипт ReFoot — превращает размеченный текст в сноски. 
На скриншоте выше сноски находятся в скобках <>. Кроме этого формата скрипт поддерживает два других: <note>Текст Сноски</note> и <footnote>Текст Сноски</footnote>. А если есть желание и навык, вы сами можете всегда добавить свой формат разметки непосредственно в коде скрипта в части:
var FOOTNOTE_PATTERNS =
{
«<footnote>NOTE</footnote>» : «<footnote>([^<]+)</footnote>»,
«<note>NOTE</note>» : «<note>([^<]+)</note>»,
«<NOTE>» : «<([^>]+)>»,
};
Запустив скрипт видим следующеe окошко:
Выбираем нужный шаблон разметки и жмём ОК. Готово!
Скачать скрипт ReFoot.